Всего к моменту открытия насчитывалось уже несколько тысяч памятников Древней Руси – иконы, образцы декоративно прикладного искусства, 445 картин, 981 графическое произведение (рисунки, акварели, гравюры), 111 скульптур.
Основу собрания музея составили произведения русского искусства, переданные ему Академией художеств, Эрмитажем, Зимним, Гатчинским и царскосельским Александровским дворцами, и, кроме того, частными лицами. Личную коллекцию портретной русской живописи, княгини М.Тенишевой передал князь А.Лобанов-Ростовский.
За первые десять лет существования музея его коллекция удвоилась. За счёт ассигнований из казны и пожертвований частных лиц осуществлялось расширение коллекции.
Большая заслуга превращения разрозненного собрания в целостную и систематизированную коллекцию принадлежит работавшему здесь с 1909 по 1929 годы П.И.Нерадовскому. Коллекция музея значительно пополнилась в первые годы советской власти за счёт национализированных государством многочисленных частных коллекций.
Со временем в музее появляется раздел советского искусства, и соответствующее научное подразделение, которое было призвано изучить новейшие течения в искусстве.
Всего свыше 400 тысяч экспонатов различных жанров, направлений и школ , это уникальное собрание лучших образцов русского искусства более чем за тысячелетнюю его историю. Экспозиция музея располагается в корпусе Бенуа и флигеле Росси, а основная часть в Михайловском дворце. Музей курирует 160 художественных музеев по всей стране, проводит большую культурно-просветительскую и научно-методическую работу. Ежегодно его сотрудники готовят и проводят порядка пятидесяти тематических выставок в стенах музея, не менее десяти - в других городах России и за рубежом. Кроме того, Русский музей сегодня – это ещё и реставрационный центр, и научно-исследовательский институт. Он представляет собой целый музейный комплекс.
К музейному комплексу, помимо зданий основной экспозиции, относятся Строгановский и Мраморный дворцы, Михайловский (или Инженерный) замок, Михайловский сад и уникальный садово-парковый ансамбль - Летний сад и Летний дворец Петра I.
Музейное собрание продолжает пополняться и в наши дни. Немало ценных произведений русского изобразительного искусства передаются в дар музею коллекционерами, авторами и их наследниками. Редкие вещи приобретаются на международном антикварном рынке. Так, на аукционах «Сотби» и «Кристи» были куплены ценнейшие рисунки Б.Д. Григорьева и И.Е. Репина.
Собрание Русского музея систематизировано по отделам русской и советской живописи, скульптуры, графики, декоративно-прикладного искусства (изделия из металла, мебель, стекло, фарфор, резьба, лаки, ткани, вышивка, кружево и т.п.). В древнерусском отделе собраны ценнейшие иконы XII—XV веков (Богоматерь Умиление, Ангел Златые власы, Дмитрий Солунский, Борис и Глеб, Чудо Георгия о змие, и другие), произведения Андрея Рублёва, Симона Ушакова, Дионисия и других наших древних мастеров. Всего – около 5 тысяч икон с XII по начало XX века.